Es un ente público no estatal. Su primer presidente, en 1994, fue Carlos Jakob
Este 1 de marzo se cumplen 29 años comenzaba funcionar el Consorcio de Gestión de Puerto Quequén, figura administrativa diseñada en 1994, en el marco de una política de descentralización y privatización impulsada desde el gobierno nacional encabezado por Carlos Menem.
El consorcio portuario se constituyó a través de la Ley Provincial N° 11.414, que fue sancionada en julio de 1993. El organismo fue definido como un ente público no estatal, concentrando los intereses del Estado provincial, el municipio, los trabajadores portuarios y los sectores privados que operan en la estación marítima.
Funciona en el inmueble de Avenida Juan de Garay N° 850 de Quequén, en pleno puerto, siendo dirigido por un directorio. Este es liderado por un presidente, que designa el gobierno bonaerense, y ocho directores.
Su actual presidente es Jorge Alvaro, siendo gerente general Oscar Morán.
Integran hoy el directorio Daniel Monjes y Artemio Zufriategui (en representación del sector sindical), Alejandro Gallego (exportadores), Daniel Arce ( concesionarios y permisionarios), Carina González (productores primarios), Juan Carlos Peralta (Municipalidad de Necochea y María Eugenia Ruiz (prestadores de servicios)
También tienen representación los armadores de buques.
Carlos Jakob fue el primer presidente del ente portuario local y con los años ocuparía el mismo cargo su hijo Norberto. También ocuparon ese cargo Jorge Gil (teniendo a Luis Arecco como presidente alterno), José Alfredo Bisciotti, Luis Alsinet, Martín Caraffo, Mario Goicoechea, Ernesto Costanzo, José Luis De Gregorio y Arturo Rojas.
Puerto Quequén cuenta con 12 sitios y se caracteriza por su rápido ingreso al mismo por parte de grandes embarcaciones, sobre todo a partir de su profundización del canal de acceso a aproximadamente 50 pies y la extensión de la Escollera Sur.
Desde el mismo se exporta, fundamentalmente, cereales y oleaginosas, así como subproductos de la industria aceitera. Y se importan fertilizantes, destinados a mejorar el rendimiento de la agricultura de la región.
En 2022 Puerto Quequén alcanzó un récord de operaciones, alcanzando algo más de 7,5 millones de toneladas, superando la anterior marca del año 2016.
Fueron 306 los buques que operaron en la estación marítima el año pasado, en que se cumplió el centenario del puerto.
El elevador que perteneciera a la ex Junta Nacional de Granos y que desde hace 30 años administra la empresa Terminal Quequén, constituye parte de las instalaciones. También cuenta con su terminal la Asociación de Cooperativas Argentinas. La última terminal que se incorporó fue la de Sitio 0, en todos los casos sobre la margen Quequén. En tanto, en la margen Necochea se instaló la planta de Pier Doce, destinada a almacenar fertilizante. Asimismo, se habilitó otro sector de operaciones, que está en manos de la firma Nequen, donde oportunamente se acopiaron elementos llegados del exterior para la construcción del parque eólico en la zona de Las Grutas.
También la pesca tiene espacio en Puerto Quequén, aunque sin el esplendor que alcanzó esa industria décadas atrás.
